کشف محیط کشت باعث توسعه میکروبیولوژی در قرن نوزدهم شد . کشت باکتریایی اولین روشی بود که برای مطالعه میکروبیوتای انسانی با استفاده از یک محیط مصنوعی که اجازه رشد و جداسازی باکتری ها را می دهد، توسعه یافت. اولین کسی که یک باکتری را به روشی تکرارپذیر کشت داد، لوئی پاستور در سال 1860 بود که به لطف توسعه اولین محیط کشت مصنوعی بود.

یک پیش نیاز برای بررسی بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی میکروارگانیسم ها، جداسازی و مدیریت کشت های خالص است. تنها معیار مطلق خلوص برای کشت باکتری این است که از نتاج یک سلول منفرد گرفته شده باشد.

برای جداسازی یک میکروارگانیسم، ابتدا باید محلی را که احتمال یافتن آن زیاد است، شناسایی کرد، روش صحیح نمونه‌برداری، کشت غنی‌سازی و تکنیک‌های غربالگری را دنبال کرد.