با توجه به اینکه سلول‌ها از ساختارهای بی‌رنگی تشکیل شده‌اند که تمایز آنها زیر میکروسکوپ را مشکل می‌سازد، نیاز است برای مشاهده سلول‌ها و مطالعه اندامک‌ها و ساختارهای مختلف آنها رنگ آمیزی انجام شود(Cell staining)

به منظور رنگ آمیزی سلول روش‌های مختلفی وجود دارد که در ادامه به بررسی آنها خواهیم پرداخت. این نکته حائز اهمیت است که قبل از رنگ آمیزی سلول، نیاز به آماده سازی نمونه می‌باشد. آماده سازی نمونه شامل مراحل نفوذپذیری، تثبیت و اتصال است.

نوع رنگ و روش انتخابی برای رنگ آمیزی سلول به زنده یا زنده نبودن نمونه،هدف از بررسی نمونه ،نوع نمونه وابسته میباشد و برای تمامی سلول ها نمیتوان از یک روش ثابت استفاده کرد.

انواع روش های رنگ آمیزی

رنگ آمیزی حیاتی:(vital staining) در این روش از یک رنگ بی‌خطر برای رنگ آمیزی و مشاهده بافت‌های زنده زیر میکروسکوپ استفاده می‌شود.

رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین:(H&E) یکی از روش‌های رنگ آمیزی رایج در به منظور رنگ آمیزی بافت می‌باشد برای نمونه‌های یخ زده تثبیت شده در پارافین کاربرد دارد و در تشخیص بسیاری از بیماری‌ها می‌توان از آن استفاده کرد.

رنگ آمیزی سودان بلک:(sudan black)رنگ سودان بلک به منظور رنگ آمیزی و مشاهده لیپیدها استفاده میشود و علاوه بر این این رنگ در رنگ آمیزی کروموزوم‌ها اندامک گلژی و گرانول‌های لوکوسیت کاربرد دارد.

رنگ آمیزی میتوکندری در سلول زنده: برای این رنگ آمیزی از Janus Green B استفاده می‌شود، به منظور مشاهده اندامک میتوکندری زیر میکروسکوپ.

رنگ آمیزی سلول چربی با روش :oil red oاین رنگ آمیزی برای بررسی تغییرات متابولیسم چربی در بدن استفاده میشود.

رنگ آمیزی گیمسا : (Giemsa’s staining) یکی از روش های متداول رنگ آمیزی میباشد که کاربرد گسترده ای در خون شناسی،بافت شناسی و باکتری شناسی دارد. محلول این رنگ شامل از آزور ،متیلن بلو  و ائوزین است.

رنگ آمیزی گرم: یکی از رنگ آمیزی های رایج در باکتری شناسی که به منظور افتراق باکتری ها براساس پاسخ دیواره سلولی به دو رنگ کریستال ویوله و سافرانین بکار میرود و باکتری ها را در دو دسته گرم مثبت و منفی قرار میدهد.

در باکتری شناسی روش‌های رنگ آمیزی مختلف دیگری نیز  وجود دارد از جمله:

 رنگ آمیزی اسید فست یا زیل نیلسون: به منظور تشخیص مایکوباکتریوم‌ها و افتراقشان از سایر باکتری‌ها به کار می‌رود.

رنگ آمیزی اندوسپور: به منظور تشخیص باکتری‌های تولید کننده اندوسپور بکار میرود.

رنگ آمیزی گیمسا

رنگ آمیزی کپسول

رنگ آمیزی آکریدین اورنج

رنگ آمیزی منفی: این روش به منظور مشاهده کپسول باکتری یا مخمر کاربرد دارد.

رنگ آمیزی سلول های گیاهی: انواع مختلفی دارد و بسته به بافت گیاهی مورد نظر از رنگ های مختلفی استفاده میشود. مثلا رنگ کارمن زاجی برای بررسی بافت پارانشیم ،کلانشیم و آوند آبکشی کاربرد دارد.

رنگ آمیزی فلوروسنت: با استفاده از مواد فلورسنت انجام می‌شود که یک روش پرکاربرد برای مطالعه سلول‌ها و بررسی ساختار هسته، پویش بیان پروتئین و ژن می باشد و به منظور مشاهده نیاز به میکروسکوپ فلوروسنت است.این روش امروزه کاربرد فراوانی پیدا کرده  و جایگاه مهمی را به خود اختصاص داده است.از جمله رنگ های فلورسنت میتوان به DAPI، Hochstاشاره کرد.​