آنالیز بیولوژی با نرم افزار R

پیشرفت‌های اخیر در زیست‌شناسی مولکولی و فناوری‌های مرتبط، فرصت‌هایی را برای کاوش و درک پیچیدگی سیستم‌های بیولوژیکی در سطوح مختلف مولکولی، از ژن‌ها گرفته تا پروتئین‌ها و شبکه‌های سیگنال‌دهنده و غیره، صرف می‌کند. برای ادغام این داده‌ها، ساخت و کاوش شبکه‌های بیولوژیکی، اکنون به محاسبات نیاز داریم. ابزارهایی با ساختارهای داده منعطف کارآمد و ابزارهای آماری که با در نظر گرفتن چالش‌های خاص زیست‌شناسی سیستم‌ها و یکپارچه‌سازی داده‌های پرتوان طراحی شده‌اند.

در 10 سال گذشته، جامعه‌ی Bioconductor روی توسعه چنین زیرساختی برای طیف گسترده‌ای از داده‌ها کار کرده است. ابزارها به شکل بسته‌های مختلف برای R، یک محیط نرم افزار رایگان برای محاسبات آماری و مجموعه وظایف خاص گرافیکی هستند و ادغام بسته‌ها یک راهبرد موثر برای توسعه سریع روش‌ها برای تجزیه و تحلیل داده‌های بیولوژیکی است. در زمینه سیستم بسته‌های گراف و روش‌های آماری مرتبط به ویژه برای پاسخ به نیاز اخیر رویکردهای زیست‌شناسی سیستم‌ها مانند مدل‌سازی شبکه، شبیه‌سازی و تأیید رسمی توسعه می‌یابند. به عنوان مثال، دانشمندان یک بسته R را توسعه دادند که روش‌های مهندسی معکوس را برای کشف شبکه مولکولی از داده‌های بیان ریزآرایه پیشنهاد می‌کرد. به طور مشابه، با استفاده از مفاهیم نظری گراف در R، دو دانشمند دیگر کمپلکس‌های چند پروتئینی و جفت کمپلکس‌های چند پروتئینی را شناسایی کردند که معمولا تعداد زیادی از تعاملات ژنتیکی مصنوعی را به اشتراک می‌گذارند.

R چیست؟

R یک زبان برنامه نویسی است که به طور گسترده برای آمار و گرافیک استفاده می‌شود. همچنین به دلیل پروژه‌ی Bioconductor که ابزارهای مبتنی بر R را برای تجزیه و تحلیل داده های بیولوژیکی ارائه می‌دهد، در دنیای زیست‌شناسی بسیار محبوب شده است.

چرا R اینقدر راحت است؟

• کاملا رایگان است.
• منبع باز است بنابراین دائما توسط کاربران آن بررسی می‌شود.
• برای کار با حجم زیاد داده بسیار مفید است زیرا به قدرت پردازش کامپیوتری بالایی نیاز ندارد.
• گرافیک با کیفیتی را در اختیار شما قرار می‌دهد.
• دارای یک جامعه بزرگ از کاربران است، بنابراین شما می‌توانید به راحتی پشتیبانی آنلاین دریافت کنید.​